いろいろなソフトを評価したりしていて、インストールやアンインストールを繰り返しているとファイルの関連づけがおかしくなってしまって、かなり前から困っていました。実用上は困らない場合がほとんどですが、表示されるアイコンがおかしくなってしまったり、見栄え上も気持ちよくありません。
そういう設定はどこでやるんかな〜、なんて思って $HOME/Library以下を探してみたり、/Libraryや/System/Library以下を探してもそれらしきものは見つからず・・・。
そんなときはとりあえず、Googleさんに聞いてみようということで聞いてみたところ出てきました。How to rebuild the LaunchServices databaseこれです。

$ /System/Library/Frameworks/ApplicationServices.framework/\
Frameworks/LaunchServices.framework/Support/lsregister \
-kill -r -domain local -domain system -domain user

LaunchServicesはMac OS Xでファイルの実行に関する関連づけを管理しているサービスで、この(隠しコマンドみたいな)コマンドで、-kill -r なんてやると関連づけデータベースが再構築されるようです。-domainで、どのデータベースに対して操作をするかを指定するようです。
かれこれ半年ぐらい時間があるときに探していましたが、もっと早くググってれば良かったなあと思いました(でも、すっきり)。